A metodologia de tratamento está fundada no modelo de Minnesota, sendo utilizado como diretriz o material Celebrando a Recuperação, adaptando ao contexto de dependência química. A referida metodologia é aplicada através de grupos de reflexão, operativos, informativos, tarefas escritas, psicoterapias individuais e em grupos, palestras e assistência às famílias envolvidas, conscientização do processo de reinserção social e encaminhamentos sociais e profissionais.
Todo o trabalho é realizado a partir da visão do ser humano integral, tendo o enfoque na transformação espiritual. Basicamente, o tratamento no Projeto Ceifar, constitui-se de cinco níveis.